Shopifyの手数料を徹底解説｜種類・計算方法・節約術まで

2026/6/5

EC・通販・ネットショップShopify

Shopifyの手数料は、月額料金だけでなく決済手数料や取引手数料など複数の費用が重なる仕組みです。費用の種類から他社ECとの比較・節約術まで実務に即して解説します。

Shopifyの手数料は何種類ある？月額だけじゃない費用の全体像

Shopifyの手数料5種類の全体像。月額料金・決済手数料・取引手数料・アプリ代・その他費用

Shopifyでかかる費用は「月額料金」だけではありません。決済手数料・取引手数料・アプリ代など複数の項目が積み重なる点を、まず把握しておきましょう。

①月額料金：4プランの料金体系

Shopifyは4つのプランを用意しており、年払い（25%オフ）を選ぶと月額費用を大幅に抑えられます。 2026年5月時点の年払い月額は、Basicが3,650円、Growが10,100円、Advancedが44,000円、Plusが368,000円（3年契約）です。

プラン	年払い月額（税別）
Basic	3,650円
Grow	10,100円
Advanced	44,000円
Plus	368,000円（3年契約）

プランが上がるほど決済手数料率・取引手数料率が下がり、月商増加とともにアップグレードの恩恵が大きくなります。初期費用は0円で、無料トライアル後に3か月150円（2026年5月時点）で試せるキャンペーンもあります。

出典：Shopify 料金プラン https://www.shopify.com/jp/pricing

②決済手数料：Shopify Paymentsの手数料率

Shopify Payments（公式決済機能）を使うと、プランに応じた決済手数料がクレジットカード売上から差し引かれます。 国内カードのプラン別手数料率はBasicが3.55%、Growが3.4%、Advancedが3.25%、Plusが2.9%です。

海外発行カード・American Expressはやや高めで、Basicが3.9%、Growが3.85%、Advancedが3.8%、Plusが3.75%となります。Shopify Paymentsを利用している限り、後述する「取引手数料」は一切発生しません。振込手数料は無料で、入金サイクルは毎週・毎月の2択です。

出典：Shopify 料金プラン https://www.shopify.com/jp/pricing

③取引手数料：外部決済を使うと上乗せされる費用

取引手数料は、Shopify Payments以外の外部決済サービスを利用した場合にのみ発生するShopify側の手数料です。 決済手数料（外部決済会社に払う）とは別にかかる点が、最大の混乱ポイントになります。

プラン別の外部決済取引手数料はBasicが2%、Growが1%、Advancedが0.6%。Shopify Paymentsを使えば0%になるため、この差を意識してプランや決済方法を選ぶことが費用最小化の鍵です。

出典：Shopify 料金プラン https://www.shopify.com/jp/pricing

④アプリ代込みの実際のトータルコスト

月額料金と決済手数料だけに目を向けると、実際のランニングコストを低く見積もるおそれがあります。 SEO対策・メールマーケティング・在庫管理など各種アプリは月数百〜数万円の費用が別途かかるケースが多く、EC運営では合計で月5,000〜30,000円超のアプリ代が発生することもあります。

プラン比較では月額と決済手数料率だけでなく、利用予定のアプリ費用も合算して判断するのが実務上のポイントです。

Shopify Paymentsだけでは足りない？外部決済サービス別の手数料一覧

外部決済サービスの手数料比較。KOMOJU・SBペイメント・コンビニ決済・代引きの費用一覧

日本市場でShopifyを運営する場合、Shopify Paymentsだけでは対応できない決済ニーズがあります。主要な外部決済サービスの手数料と特徴をまとめました。

Shopify Payments単体でカバーできる決済と日本市場での限界

Shopify Paymentsは、Visa・Mastercard・JCBなどの主要クレジットカードのほか、Apple Pay・Google Payにも対応しています。 しかし日本国内では、PayPay・コンビニ払い・後払い（Paidy等）へのニーズが高く、これらに対応するには外部決済の追加が欠かせません。

外部決済を導入すると、Shopify側の取引手数料（Basicプランで売上の2%）が別途上乗せされる点も要チェックです。事前にコスト全体を把握した上で導入判断をしましょう。

KOMOJU・SBペイメントサービス等の手数料と特徴

KOMOJUは月額・初期費用ゼロで導入でき、クレジットカード手数料は一律3.25%（2024年4月改定）、コンビニ決済2.75%、PayPay等のデジタルウォレット3.5%〜です。

SBペイメントサービスはVisa/Mastercardが3.10%、JCB/AMX/DCが3.40%ですが、初期費用3,000円・月額1,000〜1,500円がかかります。いずれを選んでも、Shopify側の取引手数料がプランに応じて別途上乗せされます。

出典：KOMOJU pricing https://en.komoju.com/pricing/

出典：SB Payment Service Shopify LP https://www.sbpayment.jp/en/service/partner/shopify/lp02/

コンビニ決済・代引き・後払い（Paidy等）の手数料

コンビニ払いや代引きは購入ハードルを下げる一方、手数料が別途かかります。 KOMOJUのコンビニ決済手数料は2.75%。代引きはヤマト運輸の場合、1〜9,999円で330円、10,000〜29,999円で440円、30,000〜99,999円で660円（いずれも税込）が配送会社に発生します（各社公式で最新料金を要確認）。

Paidyなど後払いサービスの加盟店手数料は非公表・個別契約のため、要問い合わせです。代引き設定と配送全般のトラブル対策については「配送トラブルを完全攻略！EC事業者が知るべき原因と対策、利益を守る7つの秘訣」もご覧ください。

出典：Shopifyで代金引換を設定する方法と注意点 https://www.shopify.com/jp/blog/代引きの設定方法をご紹介

BASE・STORES・カラーミーショップとShopifyの手数料を比較

ECカート手数料の徹底比較。Shopify・BASE・STORESの月額と決済手数料を3列で比較

Shopifyへの乗り換えを検討するときに気になるのが「実際にいつ乗り換えると得になるか」という点です。BASE・STORESとの手数料体系の違いを整理します。

各ECカートの手数料体系の違い

ShopifyはBASE・STORESと異なり、月額固定＋決済手数料の組み合わせ型です。 BASEスタンダードプランは月額0円ですが、決済手数料3.6%＋40円にくわえてサービス利用料3%がかかるため、実質的な販売コストは1件あたり売上の約6.6%+40円相当になります。

サービス	プラン	月額	決済手数料	その他
Shopify	Basic（年払い）	3,650円	3.55%（国内カード）	取引手数料あり（外部決済時）
Shopify	Grow（年払い）	10,100円	3.4%	取引手数料あり（外部決済時）
BASE	スタンダード	0円	3.6%+40円	サービス利用料3%
BASE	グロース	19,980円（月払い）	2.9%	サービス利用料0%
STORES	フリー	0円	5.5%〜	—
STORES	スタンダード	3,300円（年払い）	3.6%〜	—

カラーミーショップは売上金額に関係なく月額が固定で、販売手数料がゼロである点が特徴です。売上規模が安定しているECストアにとってはコスト計算がしやすい選択肢です。

出典：BASEの料金プラン・手数料 https://thebase.com/price/

出典：STORES 利用料金・手数料 https://stores.fun/ec/pricing

月商別シミュレーション：どこで乗り換えると得になるか

外部決済を使っているなら、月商645,000円（約64.5万円）がBasicからGrowへのアップグレード損益分岐点です。 月額差6,450円 ÷ 取引手数料率差1%＝月商645,000円という計算です。

Shopify Paymentsのみを使う場合、手数料差が0.15%に縮まるため損益分岐は月商約430万円に跳ね上がります。月商430万円未満はBasicのままで十分です。BASEからの乗り換えは月商数十万円を超えたタイミングが目安となります。

出典：Shopify 料金プラン（試算の根拠数値） https://www.shopify.com/jp/pricing

Shopifyの手数料に消費税はかかる？経理処理の基本

Shopifyは海外（カナダ）に本社を置く事業者であるため、料金の消費税区分が国内サービスとは異なります。経理担当者や個人事業主がつまずきやすいポイントを整理します。

月額料金・決済手数料は消費税がかかる？不課税の根拠

Shopifyへの月額料金・決済手数料は、免税事業者・課税売上割合95%以上の課税事業者・簡易課税適用事業者については消費税の申告義務がなく、実質的に不課税扱いです。 Shopifyは日本のインボイス登録事業者ではないため（2026年5月時点）、帳簿保存のみで仕入税額控除が可能です。

ただし一般課税事業者で課税売上割合95%未満の場合は、リバースチャージ方式での申告義務があります。免税事業者・課税売上割合95%以上・簡易課税適用事業者は申告不要です。詳細は顧問税理士へご確認ください。

事業者区分	Shopify利用料・手数料の扱い
免税事業者	申告不要（実質不課税扱い）
簡易課税適用事業者	申告不要
一般課税・課税売上割合95%以上	申告不要
一般課税・課税売上割合95%未満	リバースチャージ方式で申告義務あり

出典：国税庁「リバースチャージ方式による申告を要する者」 https://www.nta.go.jp/law/shitsugi/shohi/26/02.htm

勘定科目・仕訳の処理方法

Shopifyの月額料金は「支払手数料」または「通信費」として計上するのが一般的です。 決済手数料も同様に支払手数料として処理するケースが多く、個人事業主と法人で考え方に大きな違いはありません。

仕訳例（Basic年払い月3,650円）は「支払手数料3,650円／未払費用3,650円」のイメージです。リバースチャージ方式が適用される事業者は仕訳方法が異なるため、顧問税理士へご相談ください。

Shopifyの手数料を安く抑える実務テクニック

手数料節約の実践チェックリスト。Shopify Payments優先・年間契約・プラン最適化・デジタル商材

手数料の全体像が分かったところで、実際のコスト削減に直結する施策をまとめます。ビジネスモデルや月商規模に合わせて組み合わせることが肝心です。

Shopify Paymentsを優先利用して取引手数料をゼロにする

最も即効性のある手数料削減策は、Shopify Paymentsを主軸の決済方法に設定することです。 Basicプランで外部決済を使うと売上の2%が取引手数料として上乗せされますが、Shopify Paymentsならゼロに抑えられます。月商50万円なら毎月10,000円の節約です。

クレジットカード・Apple Pay・Google Payはこれ1本で対応可能。PayPayやコンビニ払いが必要な場合のみ外部決済を追加し、Shopify Payments経由の購入割合を高める設計が費用最適化のポイントです。

年間契約・プランアップグレードの損益分岐

年払い契約への切り替えで月額料金が25%オフになるため、月払いから年払いに変えるだけで大きなコスト削減になります。 Basicプランであれば月払いよりも年払いの方が年間で数万円の差が生まれます。

外部決済を使っているなら月商645,000円がBasicからGrowへのアップグレードラインです。プランを上げるほど決済手数料率・取引手数料率が下がり、月商が増えるほどメリットが拡大していきます。

デジタル商材販売ならShopify Paymentsのみで手数料最安になる理由

PDFや動画・電子書籍などデジタルコンテンツを販売する場合、Shopify Paymentsのみで決済を完結させやすく、外部決済による取引手数料をゼロに保てます。物販と異なり、コンビニ払いや代引きを必要とする顧客層が少ないため、外部決済の追加なしで運営できるケースが多いのです。

EC全体の売上を伸ばすには、手数料の最適化と並行して注文・在庫管理の効率化も欠かせません。詳しくは「EC注文管理とは？非効率な手作業から脱却し、ミスなく売上を最大化する8つのステップ」をご覧ください。

返金・キャンセル時のShopify手数料はどうなる？

返金・キャンセル時の手数料の扱い。返金処理の追加手数料・元の決済手数料・チャージバック

EC運営では返金やキャンセルが避けられないこともあります。手数料の取り扱いを把握しておけば、会計処理や顧客対応がスムーズです。

通常返金・キャンセル時に手数料は戻る？

Shopify Paymentsで返金した場合、返金処理の追加手数料は発生しません。ただし元の決済手数料は返還されません。 たとえば3,000円の注文を全額返金しても、最初に差し引かれた106.5円（3,000円×3.55%）はそのままのコストです。

返金件数が多いECでは年間の持ち出しが積み重なるため、事前に把握しておきましょう。返金・返品処理の仕訳や会計処理については「Shopifyの会計処理・仕訳を完全ガイド！手数料・返品・住所ミスの対応から効率化まで」で解説しています。

出典：Shopify Help Center | Shopify Payments refunds https://help.shopify.com/ja/manual/payments/shopify-payments/payouts/refunds

不正注文・チャージバック発生時の費用

チャージバック（クレジットカードの支払い取り消し）が発生した場合、カード会社から手数料が徴収されます。 日本での具体的な金額はShopify公式ページに記載がないため、詳細はShopifyサポートへお問い合わせください。

Shopify Paymentsには詐欺検知機能（Shopify Protect）が備わっています。高額注文や海外配送の注文は管理画面の不正リスクスコアを確認し、チャージバックリスクを事前に抑えましょう。

出典：Shopify Help Center | Chargebacks and inquiries https://help.shopify.com/ja/manual/payments/chargebacks

ECネクストラボが提供するEC運営支援について

ネクストラボは、ShopifyをはじめとするECストアの運営効率を高めるサービスを提供しています。返品・交換業務の自動化ツール「henpin」は、返品申請の受付からラベル発行・在庫戻しまでをシステム化し、対応工数を大幅に削減できます。

EC売上最大化ツール「bakuage」は、CVR改善やリピート購入促進など売上増加のための機能を集約したサービスです。手数料の最適化と並行して、売上そのものを伸ばす仕組みを整えることで、EC運営の収益性を高められます。

EC運営でお困りの際は、お気軽にお問い合わせください。henpin（返品・交換自動化）の詳細はこちら　 bakuage（EC売上最大化）の詳細はこちら

Shopifyの手数料についてよくある質問

Q1. Shopifyの手数料には消費税はかかりますか？

A. Shopifyは海外事業者のため、月額料金・決済手数料は日本の消費税が課税されません（不課税）。ただし一般課税事業者で課税売上割合が95%未満の場合は、リバースチャージ方式による申告義務が発生します。簡易課税適用事業者や免税事業者は申告不要です。詳細は顧問税理士へご確認ください。

Q2. Shopifyの取引手数料とは何ですか？決済手数料とどう違いますか？

A. 取引手数料は、Shopify Payments以外の外部決済サービス（KOMOJU・SBペイメントサービス等）を利用したときにShopify側が上乗せする手数料です。外部決済会社に払う「決済手数料」とは別に、Basicプランで2%・Growプランで1%・Advancedプランで0.6%が上乗せされます。Shopify Paymentsを使う分には、この取引手数料はゼロです。

Q3. Shopify Paymentsだけで決済は足りますか？外部決済は必要ですか？

A. クレジットカード・Apple Pay・Google Payで完結するECであれば、Shopify Paymentsのみで対応できます。ただし日本市場ではPayPay・コンビニ払い・後払いへのニーズが高く、これらを求める顧客層には外部決済の追加が欠かせません。外部決済を足すとShopify側の取引手数料（Basicで2%）も発生する点に注意しましょう。

Q4. プランを上げると手数料はどのくらい安くなりますか？

A. 外部決済を利用している場合、BasicからGrowへのアップグレードで取引手数料が2%から1%に下がります。月商645,000円（約64.5万円）を超えるとプランアップの方がトータルコストが低くなります。Shopify Paymentsのみを使う場合は決済手数料の差が小さいため、月商約430万円がBasic→Growの損益分岐点です。

Q5. 返金・キャンセルしたとき、Shopify側で手数料は発生しますか？

A. 返金処理の手数料は発生しません。ただし元の決済時に引かれた決済手数料は返還されません。たとえば3,000円の注文を全額返金しても、最初に差し引かれた決済手数料分はそのままのコストです。チャージバック（不正注文）の場合は別途手数料がかかるため、詳細はShopifyサポートへご確認ください。

まとめ：Shopifyの手数料

Shopifyの手数料は「月額料金＋決済手数料＋取引手数料」の三層構造が基本で、Shopify Paymentsを活用すれば取引手数料をゼロにできます。年払い契約への切り替えと月商に応じたプランの最適化がコスト削減の二大施策です。料金は変動する場合があるため、Shopify公式サイトで最新情報をご確認ください。

EC運営の効率化をお考えの方は、ぜひネクストラボのサービスをご活用ください。

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